Introdução:Os fatores de risco para doenças cardiovasculares podem levar a cardiopatias. A reabilitação cardíaca pode melhora a clínica desses pacientes. Este processo deve ser multiprofissional e feito da forma individualizada. Um programa de reabilitação composto por exercícios aeróbios pode ser prescrito através da variabilidade da frequência cardíaca (VFC). Método: Vinte indivíduos com pelo menos dois fatores de risco para DCV; divididos em 2 grupos (11 no grupo intervenção e 9 no grupo controle). Os voluntários realizaram avaliações como:teste de exercício cardiopulmonar (TECP); coleta da VFC; teste de 1 repetição máxima (1RM). Em seguida o grupo intervenção foi submetido ao programa de treinamento físico onde a prescrição do exercício aeróbio foi feito pela VFC coletada minutos antes. Fizeram ainda treinamento de força e ao final refizeram as avaliações (TECP, VFC e 1RM). Análise etatística: Nas variáveis do TECP, foi aplicada ANOVA two-way (fatores: tempo e grupo) com pos-hoc de Bonferroni. Adicionalmente, para as variáveis do teste de 1RM e VFC, onde foram comparados os períodos pré e pós-intervenção, foi utilizado o test t-student pareado. Os dados estão expressos em média, desvio padrão e o nível de significância estabelecido foi P<0,05. Resultados: O TECP mostrou melhora da capacidade funcional quando comparamos o tempo que os voluntários levaram para atingir o LAV na avaliação PRÉ comparada com a mesma variável na avaliação PÓS, pois o tempo para o atingimento do LAV no PÓS foi maior comparativamente (460,36±123,62 vs 513,45±198,28; com P=0,048); o mesmo ocorreu com o tempo total até o pico do exercício, quando comparamos o tempo PRÉ com o tempo até o pico do exercício no PÓS (639,73±127,76 vs 789,91±117,38; com P=0,048). A carga em watts, atingida no pico do exercício mostrou diferença significatica quando comparamos o momento PRÉ com o PÓS (99,09±26,53 vs 116,36±19,12; com P=0,008). O treinamento de força mostrou diferença estatística na variável 1RM em todos os 3 exercícios quando foi comparado o momento PRÉ com o PÓS; no aguachamento no Smith (79,91±17,65 e 106,91±14,29; sendo o P<0,001); na puxada aberta no pulley (32,45±9,60 e 39,64±11,25; com o P<0,001); na remada sentada (33,73±11,41 vs 41,18±9,65; com P<0,05). A VFC mostrou diferença estatística significativa no índice SD1 comparando a momento PRÉ com o momento PÓS (13,68±6,56 vs 16,44±7,44; com o P=0,01). Conclusão: O treinamento aeróbio de doze semanas prescrito pela VFC mostrou melhora na capacidade funcional, aumento força muscular e melhora da modulação autonômica cardíaca.