Introdução: O trato gastrintestinal inicia sua colonização durante o parto da criança. A complexidade e a diversidade são modificadas por fatores externos que influenciarão a composição da microbiota, sendo, dieta, higiene pessoal e alimentos e uso antibióticos. A microbiota pode afetar a probabilidade de várias doenças, incluindo doenças cardiovasculares, entre elas, a hipertensão arterial que cursa com maior morbidade e mortalidade. Indivíduos hipertensos podem se apresentar com pressão arterial (PA) controlada (uso de até três fármacos anti-hipertensivos) ou resistente sem controle da PA, mesmo em uso de três ou mais anti-hipertensivos. O estudo objetivou avaliar a microbiota intestinal de indivíduos hipertensos resistentes, comparando-a com a de normotensos e hipertensos controlados. Casuística e Métodos: O estudo transversal foi composto por adultos de ambos os sexos, com idade entre 40 a 70 anos, divididos em três grupos, normotensos, hipertensos controlados (HC) e hipertensos resistentes (HR). Foi realizada avaliação nutricional, bioquímica e análise das fezes o estudo da microbiota nos grupos, e avaliação de parâmetros hemodinâmicos periféricos. Resultados:A amostra foi composta por 17 indivíduos normotensos, 24 hipertensos controlados e 22 hipertensos resistentes com média de idade de 53, 63 e 61,5 anos, respectivamente (P=NS). A mediana da PA de consultório foi 112x73 mmHg, 129x70 e 144,5x76,5mmHg para os grupos normotenso, HC e HR, respectivamente, com diferença significante para PA sistólica (P<0,001). A monitorização ambulatorial confirmou maior valor de PA nos HR comparados aos HC (P<0,05). Hipertensos resistentes apresentaram sobrepeso (segundo IMC) e maior circunferência da cintura do que normotensos (P<0,01). Quanto à avaliação da microbiota intestinal, observou-se menor frequência do gênero Prevotella tendo maior frequência no grupo de HC e HR comparados aos normotensos; Eubacterium coprostanoligenes encontrado em maior quantidade no HR, seguido do HC e normotenso e também Clostridium Strito Senso 1. A relação Firmicutes/Bacteroidetes foi proporcionalmente maior nos normotensos e reduzida nos HR. Conclusões: A maior quantidade da relação Firmicutes/Bacteroidetes nos normotensos significa menor disbiose intestinal. Prevotella foi maior nos HR e HC comparados aos normotensos. Estes achados demonstram um desequilíbrio da flora intestinal nos hipertensos; uma vez que são bactérias produtoras de substâncias vasodilatadoras e com propriedades cardioprotetoras. Mudanças na expressão desses gêneros têm sido associadas à disbiose intestinal.